En La inundación, Zamiatin hace de la crecida y el desbordamiento del río Neva -Tema recurrente en la literatura petersburguesa- la metáfora central de su narración, a partir de la cual construye un torrente de imágenes.
En paralelo, se desarrolla un turbio drama familiar: el matrimonio de Trofim Ivánich y Sofia, incapaz de tener hijos, acoge en su asa a Ganka, la joven vecina huérfana.
Lejos de calmar las aguas, la irrupción de Ganka desplaza el deseo del marido hacia la joven, portadora de la juventud, la fertilidad y el desenfreno.